本发明公开了一种基于GIM数据的三维建模方法、系统和设备，涉及GIM数据处理技术领域，通过解析GIM文件，得到所述GIM文件的各层级间文件的引用关系，作为层级信息；从所述层级信息中筛选得到MOD文件和位姿矩阵信息，并根据所述位姿矩阵信息对所述MOD文件进行坐标转换；读取坐标转换后的所述MOD文件，得到第一点信息和第一线信息；综合采用八叉树和kd树算法，对所述第一点信息进行合并，得到第二点信息；结合所述第二点信息和所述第一线信息，精确线段连接，得到第二线信息；根据所述第二线信息，建立实体的三维网格模型。采用本发明实施例，能够将GIM中复杂的数据关系转化为清晰、有序的数据结构，并有效消除坐标精度不足对实体三维建模准确度的影响。