本发明公开了一种柱状物装填系统，包括柱状物供应装置、柱状物转运装置和容器定位导向装置，柱状物转运装置上设有取物槽，容器定位导向装置包括用于使容器开口朝上的容器定位机构和柱状物导向机构，柱状物导向机构上设有位于容器定位机构的上方的导向槽，取物槽可与导向槽拼接，形成供柱状物通过的导向通道。还公开了一种柱状物装填方法，采用柱状物装填系统进行。本药柱装填系统具有整体结构简单，占用空间小，装填难度小，装填过程中不易损坏柱状物，减少了生产成本，便于拆分消毒等优点。本柱状物装填方法具有装填难度小，装填过程中不易损坏柱状物，减少了生产成本，便于拆分消毒等优点。