本发明公开了一种血栓清除系统，涉及医疗器械技术领域，包括取栓架体、连接在取栓架体近端的细长的操控构件以及用于与负压源连接的抽吸导管，抽吸导管的远端段为具备变形能力的材料制成，抽吸导管的远端段具有常态和扩张态；常态下，距离抽吸导管远端距离为a处的截面为第一截面，扩张态下，距离抽吸导管远端距离为a处的截面为第二截面，第一截面尺寸小于第二截面且第二截面能够将第一截面完全覆盖；取栓架体具有能够在抽吸导管腔道内穿行的收缩构型以及扩张抽吸导管远端段的扩张构型，操控构件控制取栓架体在抽吸导管内穿行以及切换取栓架体的构型。本发明提供的方案能够对大块血栓进行抽吸，进而提高血栓清除效率。