本发明涉及密封胶粘剂技术领域，具体涉及一种耐温阻燃密封胶及其制备方法和应用。本发明在真空条件下，将α,ω‑二羟基聚二甲基硅氧烷、增塑剂和增强填料第一混合，得到基胶，再将所述基胶、阻燃剂、偶联剂和催化剂第二混合，得到预制密封胶，最后将得到的预制密封胶和耐温填料第三混合，得到耐温阻燃密封胶。本发明以纳米填料和/或玄武岩纤维材料作为耐温填料，提高了耐温阻燃密封胶的耐温性能，在建筑结构抗火保温中具有广阔的应用前景；而且，本发明采用的增强填料提高了耐温阻燃密封胶的力学性能和流变性能，耐温阻燃密封胶固化形成的密封体系不仅具有优异的密封性能及力学性能，还具有优良的阻燃性能和耐温性能。