本发明公开了一种配方烟丝自动套袋装封箱系统及装封箱方法，配方烟丝自动套袋装封箱系统包括辊筒输送线，辊筒输送线上依次形成输入端、套袋工位、套袋不良剔除工位、装填烟丝称重工位、提袋封口工位、封箱工位与输出端；输入端处设置有自动开箱机；套袋工位设置用于套袋并将袋口翻折于箱口的自动套袋机；套袋不良剔除工位设置检测装置与剔除装置；装填烟丝称重工位设置称重装置与装填装置；提袋封口工位设置用于将塑料袋提起并将塑料袋口部封闭的自动提袋封口机；封箱工位设置用于将纸箱顶部密封的封箱机。本发明能够自动化实现纸箱自动成型、自动套塑料袋、自动定量装箱、自动称重、塑料袋自动封口、纸箱自动封箱等一系列复杂的操作流程。