本发明公开了一种水平井分段堵采深部自调剖提高采收率方法，包括以下步骤：S1、将管串组合下入水平井裸眼段内；S2、通过检测每一所述分隔腔的采出液量和含水率，确定相对高含水井段；S3、开启相对高含水井段对应的调液孔，关闭其余分隔腔对应的调液孔；S4、往所述调液管串注入堵剂，使所述堵剂通过开启的所述调液孔和所述相对高含水井段进入外部的地层；所述堵剂在外部的地层挤入并形成封堵区。本发明将控水、堵水、采油一体化，通过在地层的深部对高含水区带进行封堵，改变地层物性场，对地层深部进行流场改造，既从源头上解决边底水突进问题，又使更多原油流入井筒，实现最大限度的控水增油效果，对采用水平井开采方式普遍适用。