本发明公开了一种基于非靶向代谢组学的生物年龄预测方法及装置，涉及生物数据处理领域，包括：构建基于堆叠集成的生物年龄预测模型并训练，得到经训练的生物年龄预测模型；对待分析人员的血液样本中的每个代谢物的质谱数据进行处理和特征选择，得到关键代谢特征；将待检测人员对应的关键代谢特征输入到经训练的生物年龄预测模型，先经过基模型单元中的每个基模型，得到若干个第一年龄，将若干个第一年龄构成第一年龄向量并分别输入次级学习器单元中的每个次级学习器，得到若干个第二年龄，将若干个第二年龄构成第二年龄向量并输入终级学习器，得到预测年龄。本发明解决了现有生物年龄评估准确度低、缺乏综合性、复杂性和成本高等问题。