本发明公开了一种便携式土著微生物组异位捕集器，涉及微生物培养与利用技术领域，保温箱、托盘、培养盒、温度模块、温度传感器、湿度传感器和氧气传感器，所述培养盒和所述托盘设置在所述保温箱内，所述托盘用于盛放样品，所述培养盒用于放置在所述托盘上的样品上，所述温度模块用于为微生物提供所需的温度，所述温度传感器用于检测所述培养盒所在环境的温度，所述湿度传感器用于检测所述培养盒所在环境的湿度，所述氧气传感器用于检测所述培养盒所在环境的氧气含量。本发明的便携式土著微生物组异位捕集器能够降低环境的改变程度，减少由于环境改变带来的微生物组分丧失。