本发明公开了吸丸刷丸灌装系统，包括：送料装置，用于输送丸粒到负压辊筒一侧的药斗；吸丸装置，用于从药斗中负压吸附定量的丸粒，包括支撑机构、转动设置在支撑机构上的负压辊筒及带动负压辊筒转动的驱动机构，负压辊筒内部具有中空内腔且中空内腔连接至负压发生装置，负压辊筒的外壁上设有沿轴向间隔布置的多排吸丸孔，每排吸丸孔包括沿负压辊筒周向间隔布置的多个吸丸孔；灌装装置，包括设置在负压辊筒下方的灌装漏斗机构及用于刷除负压辊筒上丸粒的刷板，灌装漏斗机构包括沿负压辊筒轴向间隔布置的多个灌装漏斗，每个灌装漏斗与至少一排吸丸孔相对应；送瓶装置，用于输入空的包装瓶并输出完成灌装的包装瓶。本发明提供的吸丸刷丸灌装系统，提高灌装效率和精度。