本发明公开一种水风光互补发电系统市场交易决策的协调调度运行方法，它包括如下步骤：S1、互补系统中长期发电能力评估与远期市场交易；S2、日前市场竞价与发电调度计划优化；S3、日内市场与实时调度运行；本发明考虑不同能源之间的协同作用和互补特性，从风险偏好角度入手，分析了水风光发电企业电能交易市场行为方式，并发掘了与其电能交易紧密关联的调度需求，构建了相应的调度模型，可有效引导水风光互补发电企业优化市场决策并提高水风光资源利用效率。