本发明涉及烟草种植领域，尤其涉及一种烟草多功能复合菌剂及其发酵制备方法与装置，包括以下材料：液体种子培养基：NaCl10g/L、蛋白胨10g/L和酵母粉10g/L；发酵培养基：玉米淀粉50g/L、豆粕70g/L、蛋白胨3g/L、磷酸二氢钾1g/L、硫酸镁0.5g/L、硫酸亚铁0.2g/L、硫酸锰0.02g/L和轻钙5g/L；解淀粉芽孢杆菌2份、胶质芽孢杆菌2份、巨大芽孢杆菌4份和邻苯二甲酸二丁酯降解菌2份。本发明在发酵过程中通过内发酵罐顶部的四个细胞密度传感器可以对内发酵罐内部四种菌含量进行实时监测，并且当某种菌的数量低于预设比例时，可以添加相对应的菌液，同时发酵装置设计的功能，能够实时调整控制菌株的发酵比例，提高制备的菌剂质量稳定性。