本发明公开了一种农业废弃物有机肥发酵系统，属于有机肥发酵技术领域，包括主体装置，主体装置用于将农林作业生产中的各类废果、废蔬菜、各类秸秆进行磨碎混合，主体装置上设置有发酵装置、输送装置和装袋装置，发酵装置用于对各种原材料进行一同发酵，输送装置用于将发酵后的有机肥输送到装袋装置中，装袋装置用于对有机肥进行装袋。本发明设置的主体装置能够对各类废果、废蔬菜、各类秸秆进行混合和破碎，使得有机肥的制造原料能够充分进行混合，提高有机肥后续的发酵效果；本发明设置的发酵装置内设置有多层发酵腔体，通过多层腔体形成无氧环境，并通过加热片对发酵筒进行加热，为原材料发酵提供所需温度，大大提高有机肥发酵速度。