本发明公开了一种考虑等离子泡耗空周跳量的GNSS L频段电离层幅度闪烁伪指数计算方法，包括如下步骤：步骤1，基于GNSS双频相位观测数据计算相位相对的时间差分值；步骤2，基统计特性检测相位相对是否存在周跳；步骤3，估计等离子泡耗空造成的周跳量，步骤4，估计剔除等离子泡耗空造成的周跳量后的周跳修复量，步骤5，修复时序数据，步骤6，计算GNSS L频段电离层幅度闪烁伪指数。本发明公开的方法，有效提升了我国L频段电离层闪烁信息保障能力，进而为电离层闪烁对卫星通信、卫星导航、雷达监视等系统的影响评估及告警预警提供了技术支持。