本发明公开了一种新能源汇集站交流故障穿越控制方法及系统，包括获取新能源汇集站的运行参数；根据第一交流电压判断是否进入故障穿越模式；在故障穿越模式期间内，根据交流输出功率和直流直挂储能装置的输出功率，对应控制直流直挂储能装置执行定直流电压控制或定输出电流控制；在故障穿越模式期间内，根据故障穿越模式期间内采集到的新能源汇集站的第二交流电压，确定直流耗能装置的工作状态。本发明的新能源汇集站交流故障穿越控制方法及系统，通过对直流直挂储能、耗能装置、海上风电送端换流站的协调控制，实现陆上交流故障可靠穿越，并且能有效降低耗能装置容量，从而保障了新能源汇集站整体供电的有效性。