本发明提出一种PHEV发动机自动化标定系统及方法，该系统包括：发动机标定测量分析模块，连接发动机控制器，接收和分析标定参数；发动机自动控制模块，连接PHEV发动机，测量、分析并闭环控制发动机参数和发动机标定测量分析模块参数，包括油门踏板控制模块、发动机充气控制模块和油门/充气切换模块，油门/充气切换模块用于切换油门踏板控制模块和发动机充气控制模块；发动机标定控制模块，用于设定标定方案，基于标定方案闭环控制发动机自动控制模块和发动机标定测量分析模块；发动机燃烧分析模块，用于测量和计算发动机的燃烧分析参数。本发明可以在油门控制和充气效率控制之间进行切换，实现对PHEV发动机所有万有特性的自动化精确控制。