本发明提供一种鱼苗养殖系统，包括:养殖槽，所述养殖槽为鱼苗提供生存空间，所述养殖槽包括沿其长度方向的第一端和第二端，所述养殖槽在其所述第二端开设有出鱼口；筛鱼网，所述筛鱼网可拆卸的安装于所述养殖槽；将所述养殖槽内部空间分隔为靠进所述第一端第一空间和靠近所述第二端的第二空间，所述鱼苗从所述第一空间游至所述第二空间需要穿过所述筛鱼网；以及，循环过滤装置，用于过滤所述养殖槽水体；和现有技术相比，本发明提供的所述鱼苗养殖系统能够实现自动化的鱼苗养殖。