本发明提供一种筛选培育耐高温栉孔扇贝亲本的方法，即在筛选获得了与栉孔扇贝耐高温性状相关的微卫星分子标记的基础上，筛选具有耐高温特性的栉孔扇贝进行遗传育种。所述的与栉孔扇贝耐高温活性相关联的微卫星位点Chf03，核苷酸序列为SEQ ID NO:1。本发明筛选得到了与栉孔扇贝耐高温性状相关联的微卫星位点，其基因型为205/205的个体在耐高温特性上明显好于基因型为203/205、205/207个体。本发明的微卫星位点可用于具有耐高温性状亲本的筛选，为栉孔扇贝遗传育种提供可靠的分子标记。