本发明涉及一种水体中实时控制拖鱼离底高度的测量系统，包括多波束测量系统、电动绞车、浮体、配重块及配重环；多波束测量系统，设于船体底部，用于测量拖鱼航经路线的水深及地形，并实时记录数据；电动绞车设于船体上，依据多波束测量系统记录的数据来实时控制其连接的铠装电缆的收放长度，铠装电缆的自由端连接拖体；浮体连接于铠装电缆上，用于给提供一个向上的浮力；配重块连接于铠装电缆上，其连接铠装电缆的位置与浮体的连接位置紧挨，用于提供一个向下的重力；配重环套设于铠装电缆的自由端，并紧邻拖体设置。本发明能够有效控制拖鱼在海底保持稳定的离底高度，上下起伏运动行程在±50cm内，减小坡度和海流对测量数据影响提高数据测量精度。