本发明属于能源优化配置技术领域，具体涉及基于不确定性分析的新能源优化配置方法及装置，方法包括基于包括多个新能源场站的能源系统构建能源配置优化模型；获取能源系统的能源运行数据，包括获取环境参数数据、能源管理数据及设备性能数据；根据获取的各数据进行系统产出不确定性分析，确定能源系统的目标产能估值；基于能源系统的目标产能估值建立优化目标函数，基于优化目标函数，通过能源配置优化模型对能源系统进行分时间段配置优化。本申请在优化配置过程中考虑了多种不确定性因素系统产能的影响及结合分时段规划，能够更好地适应实际运行中不同时间段的不确定性因素，更有利于提高能源系统的鲁棒性，进而提高系统的稳定性。