提供一种滤毒通风隔离系统，可以其中隔离间作为感染人员的隔离收治、易感染人群的隔离保护场所，作为感染人员的隔离收治场所时，可以控制器控制滤毒通风隔离系统滤毒通风隔离系统处于负压防扩散模式，维持隔离间内处于负压状态，以此防止隔离间内高浓度病毒向外扩散，导致病毒传染扩散；作为易感染人群的隔离保护场所时，可以控制器控制滤毒通风隔离系统处于正压防护模式，维持隔离间内处于正压状态，以此防止外部高浓度病毒进入，保护易感染人群不受感染，此外，可根据外部空气的污染情况，设置滤毒通风器处于粗效滤毒通风状态、中效滤毒通风状态、高效滤毒通风状态，对外部进入空气进行净化。