本发明涉及化疗预测技术领域，一种结直肠癌化疗反应预测系统，计算机可读存储介质存储有计算机程序，计算机程序包括程序指令，程序指令当被处理器执行时使所述处理器执行以下步骤：获取患者的结直肠癌化疗样本；建立化疗反应第一分析模型和化疗反应第二分析模型；依据结直肠癌化疗样本和化疗反应第一分析模型得到肿瘤相对增殖率；根据结直肠癌化疗样本和化疗反应第二分析模型获得相对半数最大抑制浓度值；构建结直肠癌化疗反应预测模型，并基于肿瘤相对增殖率和相对半数最大抑制浓度值，对结直肠癌患者的化疗耐药概率进行预测。本发明可准确预测结直肠癌患者对不同化疗方案的反应，帮助临床医生选择最佳用药方案，实现精准治疗。