本发明提供了一种基于二氧化碳深海采矿的氢气绿色开采方法及系统，属于深海岩石气体开采技术领域。本发明利用二氧化碳实现深海矿石与氢气绿色开采方法及系统通过将多金属结核开采过程中产生的开采尾水进行收集，利用开采尾水与氢气开采平台结核进行深海氢气的开采，并将剩余的开采尾水引入海床面以下进行利用与岩石反应，引入的二氧化碳相比于传统水射流具有增渗增裂及催化加速氢气产生效果，相比传统多金属结核开采模式避免了开采尾水直接排放对海洋环境产生的不利影响，将二氧化碳引入海床面以下与岩层发生反应产生氢气具有碳利用及封存功能，实现了深海采矿的绿色开采及能源的合理利用。