本发明公开了空芯反谐振光纤加工设备控制方法及系统，涉及光纤加工设备控制技术领域，预测化学试剂流量会出现波动时输出流量波动赋值，在离散时间点上将变化量累计得到一段时间内纯度的累积变化量，依据温度状况生成温度变化指数，将流量波动赋值、累积变化量、温度变化指数代入线性回归分析模型计算输出速率校正系数，并依据速率校正系数与系数阈值的对比结果判断是否需要对沉积速率进行动态调节，基于调节算法更新调节后的沉积速率，控制系统控制加工设备以调节后的沉积速率进行预制棒制造。该控制系统能够在预制棒制造过程中依据加工时出现的不确定因素来动态调节沉积速率，从而保障预制棒质量以及提高空芯反谐振光纤的传输效率。