本发明公开了一种梯级水库库区鱼类洄游通道调控方法，包括：S1：开展鱼类洄游的水温和流速交互影响机理实验；S2：结合实验鱼上溯行为和性腺发育对不同水温和流速条件的响应，采用多元回归分析方法，确定鱼类洄游质量表征指标与水温、流速的定量关系；S3：建立不同水温、流速组合条件下鱼类上溯轨迹预测模型；S4：构建目标河段水温‑水动力模型并验证；S5：耦合鱼类上溯轨迹预测模型与水温‑水动力模型；S6：建立鱼类上溯方式与流量变化的统计学关系；S7：确定保障鱼类洄游的梯级电站生态调度方案。本发明解决了梯级水库库区缓流条件不利于鱼类洄游、阻碍鱼类自然繁殖的问题，保障产卵亲鱼顺利通过库区缓流江段，洄游至上游或支流产卵场。