本发明提出了一种侧面泵浦种子放大脉冲激光器，该激光器包括相对设置的第一种子源和第二种子源、两种子源之间的可旋转45°反射镜，还包括种子光传播路径上依次设置的第一45°反射镜、滤波器、空间隔离器、平凹透镜、45°水平偏振片、第一行波放大器、二分之一波片、第二45°反射镜、第三45°反射镜、第二行波放大器和第四45°反射镜。其中，可旋转45°反射镜可顺时针或顺时针旋转45°，用于切换不同的种子光进入后续光路；第一行波放大器和第二行波放大器、二分之一波片及多个45°反射镜组成环形行波放大器，相比线型行波放大器，种子光可被多次放大。本发明提出的脉冲激光器不仅大大提高了每个放大器的储能利用率，且可输出纳秒级和亚纳秒级两种脉宽的大能量平顶光束，能满足各种色素增生性病变的治疗需要。