本发明提供了一种森林扰动检测方法与系统，属于森林保护与监控领域。所述方法首先获取检测区域内检测年份内预设月份的Landsat系列数据及相关数据；根据相关数据识别出森林区域；在森林区域，基于Landsat系列数据计算每幅Landsat影像对应像元的NBR指数，通过最大值法和插值法得到完整的第一NBR时序轨迹；利用带有约束的SG滤波器逐像元拟合生成第二NBR时序轨迹；再利用LandTrendr算法处理第二NBR时序轨迹检测发生森林扰动的像元及年份；分析森林扰动年份前后两种NBR时序轨迹之间的差异，对年份进行校正。本发明利用数据填补方法进行高密度时序数据的重建，利用带有约束的SG滤波算法拟合像元的NBR时序轨迹，提高了对森林扰动事件的检测准确性。