本发明涉及一种基于二次融合配电的能源互联方法及系统，具体方法包括：进行用户实时用电需求的波动分析，获取用户用电需求的波动范围；建立输出功能量预测模型，对高可再生能源的短时期输出能量进行预测；并进行高可再生能源的能量存储比例的匝道约束处理；通过并网逆变器，将直流微电网储能中转站和中央公共供电站进行配电网的并网互联；实时监测并控制融合配电网中交直流互联点的电能流动状态并执行相应的能源互联平衡调节处理。本发明解决了现有技术中，在偏远地区高可再生能源并入电网供电时，由于高可再生能源的间歇性导致的电网频率波动、供电电压不稳和能源供需不平衡的问题。