本发明公开一种兼性厌氧复合菌，由暹罗芽孢杆菌2‑3C48和哈茨木霉1‑1322组成，保藏编号分别为CGMCC NO.29563和CGMCC NO.41031。本发明公开了其在促进直接还田水稻秸秆降解、促进水稻生长中的应用。本发明还公开了其制备的复合菌剂及复合菌剂在促进直接还田水稻秸秆降解、促进水稻生长中的应用。本发明兼性厌氧复合菌的两种菌均具有兼性厌氧特性，适应能力较强，且为细菌和真菌的组合，集合了细菌和真菌的双重功能，效果更稳定，不仅可以促进直接还田水稻秸秆降解，还能促进水稻生长，兼具直接还田秸秆促腐和水稻促生双重作用，适用于长江中下游双季稻直接还田秸秆促腐，具有良好的推广价值。