本发明涉及生物技术领域，尤其涉及噬藻体基因组全长转化蓝藻的方法。本发明首先筛选了噬藻体PP基因组中的毒性基因，构建了用诱导启动子控制毒性基因的表达盒，并将噬藻体PP基因组拆分为两片段，其中一片段与毒性基因表达盒连接。利用聚球藻PCC 7942优秀的同源双交换能力将这两片段分步整合到聚球藻PCC 7942基因组中，从而成功地将包含毒性基因在内的人工噬藻体PP全长基因组转化入聚球藻PCC 7942中，首次实现了噬藻体基因组全长转化蓝藻，为蓝藻水华的治理提供了新的途径。