本申请属于网络超扩散设计相关技术领域，其公开了一种耦合型双层网络的超扩散性能调控方法及其系统，方法包括：获取原始的耦合型双层网络，网络G1的最小非零特征值大于网络G2的最小非零特征值，交替迭代执行边移除和边增加直至两网络的扩散程度接近值预设程度，输出更新的耦合型双层网络，其中，执行边移除的操作包括：具有重边以及端节点相似的边进行删除，执行边增加的操作包括选择出路径较长且差异性较大的节点新增连边。通过以上过程，可以在保证双层网络中总连边数目基本不变的条件下，优化网络层内拓扑结构，较大程度地增强网路的超扩散性能。