本发明涉及电力系统技术领域，公开了一种微电网逆变器并离网平滑切换控制系统及方法，包括：功率外环控制器，用于在孤岛检测期间将第一差值变为大小等于电容稳态时电流ic的最终电流补偿量△Io进行输出，当所述控制微电网逆变器在并网模式下时，所述第一差值经电流控制器GI2后作为最终电流补偿量△Io输出；电压控制器，用于在离网模式、并网模式、孤岛检测期间输出大小等于并网模式下的负荷额定电流值iL的输出电流值iL0；加法模块，将所述最终电流补偿量△Io、输出电流值iL0、并网电流值ig、谐波及负序电流分量iLH进行汇总后作为主逆变器输出电流的电流参考值isref输入至电流内环中。本发明能维持逆变器在孤岛检测期间输出电压稳定。