本发明涉及一种面向削峰填谷的用户自备应急电源多目标优化调度方法及系统。包括：搭建系统架构；分别针对用户自备应急电源储能特性以及基于负荷实时变化的分时电价建立优化运行模型；以用户综合负荷成本以及自备应急电源退化损耗成本最小、综合负荷峰谷差和波动最低为目标，建立面向削峰填谷的应急电源多目标优化调度模型，优化调度后的用户综合负荷曲线；基于确定的优化调度模型，通过赋权值的方式将多目标函数转化为单目标问题，使用求解器对用户综合负荷的优化问题进行求解。本发明不仅提高了电力系统电能调度效率和供电可靠性，而且充分挖掘了用户自备应急电源的潜力，有效降低供电成本和能源浪费。