本发明公开了一种无损的高分辨率离子孤立信号的生成方法，包括如下步骤：先将待测样品离子化，根据待测样品中目标离子的本征频率确定宽频离子激发信号的频谱边界，并得到多个宽频离子激发信号；然后将所述多个宽频离子激发信号进行幅度调制处理；再对所述幅度调制处理之后的宽频激发信号进行幅度均衡处理；最后将所有经过幅度调制和幅度均衡的宽频激发信号叠加，生成离子孤立信号。本发明的方法能够在保证单位质量分辨率的前提下，提高目标离子的保留效率，实现无损的单位质量孤立。