本发明涉及鱼油加工技术领域，且公开了一种高纯度食用鱼油加工装置，包括鱼油预混箱，所述鱼油预混箱的底部设置有第一输油泵，所述离心箱的右侧设置有脱色箱，所述脱色箱的左侧固定安装有第二输油泵，所述蒸馏釜的顶部固定连接有导流管，所述导流管的顶部固定连接有冷凝盒。该高纯度食用鱼油加工装置及方法，通过将获取的粗制鱼油先排入过滤箱分离油脂残渣，然后将乙醇液体和过滤鱼油加入鱼油预混箱加热，使鱼油充分发生酯化反应，再通入离心箱中离心分层，分层后在脱色箱中利用第一滤板层和第二滤板层脱色除臭处理，最后在蒸馏釜蒸馏分离有机废气和残余水汽，并通过导流管和冷凝盒进行冷凝收集，从而获取高纯度鱼油成分。