本申请提供了一种微藻养殖用光生物反应器的数据监测控制方法及系统，通过分别获取两种不同规模的光生物反应器中的环境参数集和微藻养殖状态；利用预设监测模型，对两者中的环境参数和微藻养殖状态进行比对，得到比对结果；利用预设控制模型，根据对比结果，确定和输出两个光生物反应器的控制参数。利用小规模的第一光生物反应器与大规模的第二光生物反应器之间监测数据的相互比对和控制数据的优化，实现以小规模养殖为参照基准，以大规模养殖优化小规模控制模型的微藻养殖环境控制。解决了对于试验条件下构建的小规模微藻养殖的光生物反应器的控制模型，在大规模微藻养殖时存在监控效果不理想的技术问题。