本发明属于微球制备技术领域，具体涉及一种琼脂糖凝胶微球、交联琼脂糖微球及其制备方法。本发明琼脂糖凝胶微球的制备方法包括：将分散相和连续相采用微流控技术制备琼脂糖凝胶微球，分散相为琼脂糖溶液，连续相中含有乳化剂；琼脂糖溶液的粘度为60～240mpa·s。本发明基于微流控技术通过控制制备琼脂糖溶液时的加热温度和时间能够控制琼脂糖溶液的粘度，来制备大孔径的琼脂糖凝胶微球，在微球强度不变的同时增大微球的孔径，在制备交联琼脂糖微球时允许交联剂进入微球内部反应，解决了环氧氯丙烷不溶于水，受限于微球孔径大小只能在微球表面进行交联，环氧基载量低的问题。