本发明公开了一种基于核酸纳米框架空间三维芯片的自定义长单链DNA的制备方法与信息存储的应用。本发明以一种DNA框架纳米结构作为三维空间芯片，利用芯片内精确的空间位点定义彼此连接的序列顺序，通过设计桥接链将2‑30条任意序列的寡核苷酸依序连接并通过酶促连接获得完整的环状单链DNA，实现自定义单链的制备。本发明还提供了信息在三维空间内的存储读取与信息库的构建与随机访问。对于储存信息的读取，利用模式细菌进行自主复制，通过对细菌进行简单测序，即可获得目的信息。本发明方法与现有的信息存储的方法相比，具有设计可控性，精确可寻址性等优势；且大大简化了利用DNA进行信息存储后读取的复杂步骤。