本发明公开了一种航空扫描成像系统多执行元件控制方法，涉及自动控制技术领域，包括S1、确定航空扫描成像系统中所有执行元件的通信方式和协议，以及传感器的类型和位置；S2、设计系统监控模块；S3、开发故障诊断模块；S4、设定优先级算法；S5、建立任务调度模块；S6、开发智能控制模块；S7、进行系统集成测试，通过采用分组协同控制的方式，判断各执行元件是否发生传感器通信故障，有效减少存在多个补偿不同物像运动执行元件的航空扫描成像系统计算复杂度，并能够在部分执行元件存在通信故障或传感器故障的前提下，最大限度的完成航空扫描成像任务，避免航空扫描成像系统在只要有执行元件有故障发生在载机飞行时，就直接结束扫描成像的情况。