本发明提供一种基于Navier‑Stokes方程的湖库碳输运动态模拟方法，涉及湖库碳输运模拟技术领域。方法包括：S1：基于Navier‑Stokes方程构建湖库水体流动的数学模型；S2：在所述数学模型的基础上，引入碳质量守恒方程，构建湖库内碳输运的源项数学化表达式；S3：对源项数学化表达式进行参数化处理；S4：求解源项数学化表达式。该方法采用多场耦合碳输运的数学模型，模拟获得典型情景下碳输运的高精度动态时空分布格局信息，结合历史原位观测的资料，开展对关键时间节点、空间位置各形态碳分布规律的监测工作，综合分析以阐明各形态碳在湖库的运输特征，揭示水库典型调度情景下湖库系统总碳浓度的源汇过程。