本发明提供了一种改土种植百合三代种球的方法及其用到的生物肥料，属于农业种植技术领域。本发明所述方法包括以下步骤：（1）将百合三代种球放置在保温箱中，冻结贮藏，然后进行春化处理，用综合种子处理液浸泡；（2）将种植地深翻晒田后，撒施新型秸秆生物有机肥作底肥，晾晒；所述新型秸秆生物有机肥，包括以下原料：菊花枯、烟沫、腐殖酸、其他有机废弃物、有机物料腐熟剂和本土化功能菌剂；（3）在种球下种前，撒施新型秸秆复合微生物肥；（4）开沟下种、盖土理墒起垄、浇定根水。本发明解决了百合三代种球带毒带菌、种植地病虫害极易滋生蔓延的问题，有利于百合种植酸化土壤的改良和修复，促进百合生长，提高百合产量和质量。