本发明公开了一种海湾生态系统价值评估系统及方法，包括：步骤1：收集与海湾生态系统相关的基础数据，包括生物多样性数据、水质数据、气候数据、渔业数据、旅游数据、科研文化数据，并确保数据具有时间序列；步骤2：确定评估的时间范围，将时间划分为不同时段，以捕捉生态系统服务和相关社会经济因素的变化；步骤3：利用时间序列分析方法，对基础数据进行处理；步骤4：采用系统动力学模型、代理模型建立综合评估模型；步骤5：引入时间调整因子，以考虑社会经济因素在时间尺度上的影响。本发明更具有全面性、准确性和实时性，更适应海湾生态系统长期变化和社会经济因素演变的复杂性。