本发明提供一种微滴散点数据聚类方法、装置、介质、设备及系统。获取每个微滴的散点数据，包括微滴的位置编号和微滴的荧光强度；将所述散点数据映射为图像坐标并基于所述图像坐标得到微滴密度图；基于所述微滴密度图生成二值化的微滴聚集区域图；将所述微滴聚集区域图进行反转处理，筛选所述微滴聚集区域的反转图中符合预设宽度要求的连通域，并以筛选的连通域作为分界区域进行标记，生成分界区域标记图；基于所述分界区域标记图绘制各分界区域对应的分界线；基于所述分界线对微滴的散点数据进行划分及聚类。本发明的聚类速度快，鲁棒性明显增强，对离群点处理能力明显提升，可应用于多重数字PCR散点数据的聚类。