本发明公开了一种用于河流生态健康评估的鱼类目标识别方法，属于河流生态健康评估和图像识别技术领域。识别方法包括将鱼类图像输入鱼类识别模型；通过多个卷积模块递次对鱼类图像进行特征提取，然后分别对各个卷积模块输出的特征图进行第一池化处理，将各个次阶特征图输入融合模块，将各个次阶特征图输入回归增强模块，将各个卷积模块输出的特征图和第一权重输入联合调节模块，将主干特征图、第一权重和第二权重融合，得到纯化特征图；将纯化特征图输入分类模块等步骤。本发明提供的识别方法具有更好的抗噪声能力和深度学习抽象特征的能力，更加适合在河流生态健康评估任务中，对获取的鱼类目标图像进行识别。