本发明为一种提高变频器切换可靠性的控制系统及控制方法。本发明控制系统包括一台备用变频器、若干个主变频链路，每个主变频链路包括依次相连的主输入开关、主变频器、主输出开关和电动机；所述备用变频器分别与各所述主变频器通过信号线相连，所述备用变频器的输出端分别通过备用输出开关连于所述主输出开关和电动机之间；所述备用变频器、主变频器均可独立驱动对应的所述电动机。通过本发明控制方法，在备用变频器回切到主要变频器后，判断主变频器是否故障，在主变频器故障情况下能自动切换到备用变频器，确保电动机持续运行，在不增加硬件成本的基础上，提高了系统的可靠性。