本申请公开了一种基于北斗短报文的海域水质监测方法及其系统，涉及水质监测技术领域，其中，基于北斗短报文的海域水质监测方法，包括如下步骤：S1：接收多个海水水质监测数据，将同一海域类别的所有海水水质监测数据分入同一个监测数据包内；S2：通过比对数据对监测数据包进行预分析，获得预分析结果；若预分析结果为临界，执行S3；若预分析结果为异常或正常，生成监测结果，执行S4；S3：对监测数据包进行分析，获得预测信息，根据预测信息和预分析结果生成监测结果，执行S4；S4：对监测结果进行存储和共享。本申请能够提高对不同海域的水质的分析准确性，以及能够根据分析结果对不同海域的水质的变化情况进行预测，且预测准确性高。