本发明属于烟草免疫与系统性抗性改良技术领域，具体涉及一种抗烟草疫霉菌的系统性mRNA筛选分析方法及应用。所述方法选择高抗和高感烟草品种分别进行嫁接，并对接种前后各嫁接体的砧穗组织进行转录组测序，鉴定砧穗间双向运输mRNA并对其进行GO富集，初步筛选与抗病响应紧密相关的多个候选mb‑mRNAs，然后对候选mb‑mRNAs进行基因结构预测、蛋白结构域预测和同源基因基因分析，获得1个与已知的PR1基因高度同源的Scaffold5.820基因，对烟草疫霉菌胁迫中起重要的信号调控作用。本发明对高抗与高感品种嫁接后是否能触发高感品种产生对烟草疫霉菌的耐受性以及在砧木和接穗间是否存在大量的双向移动mRNAs长距离交流及介导整株植物的免疫防御反应进行研究，填补当前研究的空白。