本发明公开了一种南极磷虾原肌球蛋白的构象表位肽及其应用，属于生物免疫学技术领域。本发明的构象表位肽为C‑TM‑1（M8Q9M11K12E14K15N17M19）、C‑TM‑2（R133L135 S136E138R140D142L144L148R152L154E156）、C‑TM‑3（K226L228N229K233A235R238E240 A242V244）。进一步分析构象表位引起致敏性的关键氨基酸残基分别为K12，R140和K233，本发明阐明了南极磷虾致敏性的结构基础，突破了传统从线性表位探究引起致敏性的原因，能够为有效控制食物过敏风险提供重要的现实意义。