本发明提供电子式互感器高频数据解析存储方法及系统，方法包括：根据电子式互感器输出的报文数据，计算测量数据的粗大幅值信息、粗大相位信息、精细幅值信息、精细相位信息；根据粗大幅值信息、粗大相位信息在短时域上特征分析，实现电子式互感器测量数据类型辨识，判断电子式互感器测量数据为稳态数据或暂态数据；根据电子式互感器测量数据类型辨识，实现差异化数据存储，对于稳态数据，采取长时域上的粗略存储方法，对于暂态数据，采样短时间上的精细存储方法。本发明解决了电子式互感器测量数据的解析和存储方法无法适应电子式互感器的各类运行状态，导致电子式互感器测量数据存储维度不足，无法支撑电子式互感器运行状态在线评价的技术问题。