本公开提供一种热能表数据处理方法及系统，通过待处理热能表数据集和调节标注，得到数据映射特征，并对待处理热能表数据集进行下采样，得到潜在空间数据集，基于数据映射特征、潜在空间数据集和指定类型数据掩码器，得到待处理热能表数据集对应的关联聚焦数据集，通过数据映射特征和关联聚焦数据集，对潜在空间数据集进行变换，得到变换热能表数据集，使得根据整合待处理热能表数据集中热能表数据的指定类型数据特征和调节标注的热能表数据调节要求，令得到的变换热能表数据集中的热能表数据与待处理热能表数据集中的热能表数据相似性评估值具有较高水平，在变换时的热能表数据具有较好的信息维持能力，提高后续的数据利用准确性。