本发明公开了意蜂MRJP1突变体及其作为内标蛋白在蜂产品分析中的应用。本发明通过对多种蜂蜜、蜂王浆中蛋白质组学研究，发现蜂王浆主蛋白1在这两类蜂产品中的含量均较高，且稳定存在；通过序列比对、蛋白质酶切后上机、数据分析等，针对其中检出效率高、仪器响应强的检出肽段，进行针对性氨基酸位点突变，获得一条与天然MRJP1蛋白质序列相似，且在自然环境中不存在一样序列的重组MRJP1蛋白质突变体，其氨基酸序列为SEQ ID No.1所示，可作为内标蛋白直接添加到样品中一起进行前处理，可实现对实验步骤的评估，计算回收率，从而实现对蜂产品中的各种蛋白质含量进行准确定量分析或对蜂产品的蜜蜂蜂种进行辨别分析。